Все операции выполняем из под root'a.
1. Останавливаем mysql, если он запущен.
service mysql stop
2. Запускаем mysql следующим образом
/usr/bin/mysqld_safe --skip-grant-tables --user=root &
3. Запускаем клиента mysql
mysql -u root
4. Выполняем sql запрос
UPDATE mysql.user SET Password=PASSWORD(’ВОТ_ТУТ_НОВЫЙ_ПАРОЛЬ’) WHERE User=’root’;
5. Применяем изменения
FLUSH PRIVILEGES;
6. Выходим из mysql клиента выполнив в нем команду
exit
7. Перегружаем mysql сервер.
service mysqld restart
На этом все, постарайтесь не забывать пароли…